1905年設高士佛社公學校開始，歷經遷校、更名及風災肆虐，於1961年起更名為「高士國民學校」，1968年正式定名為「屏東縣牡丹鄉高士國民小學」，並於2004年將牡林國小，納併為「牡林分校」。

高士國小是一所南排灣族的極偏遠的迷你國小，112學年度含牡林分校及國小附設幼兒園總共14班僅73位學生。

然而，校區所在的南中央山脈台地，群山環抱，自然生態豐富有台灣獼猴總在晨曦時蒞臨校園，大冠鷲不時會在校園上空盤旋，小青斑蝶、黃紋蝶等時常在校園翩翩起舞，金線蛙等總是在星空下不甘寂寞地叫著，山窗螢就像流星一樣在夜間的校園內閃閃發光，雨後的校園天空總是高掛著一道彩虹，暗夜下躺在操場就能欣賞繁星點點，美景天成，乃絕佳的生態旅遊地點；在人文方面，本校的高士佛和分校的四林格兩部落，分別是歷史上赫赫有名的牡丹社事件和四林格事件發生地，擁有豐富的歷史遺產和人文景觀。

MSSR身教式持續安靜閱讀，本分校分別於民族教室與活動教室舉行，每週安排晨讀時間，老師與學生一同安靜閱讀，並於閱讀後分享閱讀心得，以鼓勵學生深入閱讀理解。