本校創立於中華民國29年4月1日，原名為「花蓮市港國民學校」（即今明禮國小美崙分校 ）校址設在民政里，當時學生約二百餘人，開設六學級。首任校長為日人增田克己先生。民國 34 年台灣 光復後，同年 11 月與曙國民學校合併，易名明恥國民學校，並遷入現址。民國57年實施九年國民教育，本校正名為「花蓮縣花蓮市明恥國民小學」。88年成立『花蓮縣明恥國小教育基金會』，89年成立『花蓮縣明恥國小校友會』，協同明恥國小家長會，共同支持校務的運作。

『花蓮港邊，美崙山前，曙光照亮我校園。精誠團結，攜手並肩，相親相愛笑容甜。奮發圖強，文武雙全，勤習勤練好表現。日新月異，求新求變，明恥前途海連天。』這首校歌由前任退休黃金益校長所填詞，洄盪在耳際時，彷彿又重見明恥在喜獲新生的歷程。從僅剩六班學生百餘人，增加至目前十二班的規模。現又因為校園環境的改善，不僅呈現明恥國小團隊近年來在教育上的用心，更進一步獲得社區家長的認同，營造優質的教育環境，讓明恥的孩子在「健康、智慧、快樂」的學校願景下幸福的成長。

1.溫馨的圖書館環境
2.每週五早自習進行身教式/沉浸式閱讀
3.各班皆有愛的書車提供班級共讀
4.每學期舉辦一次全校性閱推活動
5.雲水書車
6.中低年級每週三故事媽媽講故事