本校原創於日治時期，為「東清番童教育所朗島分所」，四年制。光復後於民國35年5月重新開辦，稱為東清國民學校朗島分班。56學年度本校獨立為臺東縣立朗島國民學校，教室借用日治時期的軍用電台。次年再改為「朗島國民小學」。

83學年度經由教育部補助「教育優先區計畫」經費，先後完成具雅美族建築特色教室7間與紅土運動場1座；另由教育廳補助興建「雅美族鄉土教育中心」，提供鄉內各級學校及社區民間團體鄉土教育資源。又與國立自然科學博物館合作成立「自然學友之家」，提供蘭嶼地區動植物與自然科學等相關資料，為鄉土教學之主要場地。

民國98年8月莫拉克風災，本校行政大樓與相關設施受損嚴重，縣府苦於重建經費甚鉅籌措不及，影響學童受教權益，幸而時任長榮集團總裁張榮發先生關心並施予援手，不僅贊助本校教學活動更指示張榮發慈善基金會認養了本校的重建工程，「日出大樓」於民國101年4月27日落成啟用；特別值得感念的是，故張總裁榮發先生還親手設計了三道擋風牆，讓本校幼兒園的小朋友在東北季風強勁之際，能安全無虞地使用室外遊戲設施。

利用早自習的時間，由老師與學生，在安靜的氣氛中，進行閱讀活動，朗島國小的實施亮點是，當閱讀量進入一定程度時，便在統一時間與大家分享所閱讀的書籍，學生和老師一起共學與討論，讓同學之間平時的話題不再只是遊戲與嬉戲，而是增添許多故事與知識。