本校於民國九十三年成立，首任校長為吳惠濱先生。102年2月1日，吳校長惠濱屆齡退休，由彭元豐先生接任校長。104年，新科運動中心落成。109年林燕玲校長接任校長，為新科國中帶來了新氣象。新科，正昂首展翼，翱翔雲霄。
本校從103學年度開始就積極推動國際教育，辦理國際教育校本闖關，每年動員八大領域老師設計八大關卡讓全校學生進行闖關。也辦理國際交流---連續三年至新加坡參訪，第三年除了增加馬來西亞外還增加了竹蓮及關東國小兩個同盟。並於105學年度參與教育部「國際教育手冊」的編輯與撰寫，培養學生同時具有在地認同感及國際涵養。國際教育實施過程中發現了英語的重要性，因此開始發展雙語課程，國際教育是我們發展雙語課程的前身及基礎。
目前本校有兩大特色課程，一為戶外教育Cool課程，一為雙語課程。
一、COOL課程四大元素：
1. Challenge自我挑戰：攀登台灣百岳與體驗戶外活動，利用失衡的環境突破個人舒適圈。
2. Outdoor 戶外體驗：學習基礎野外生活能力 ( Basic Outdoor Skill ) 與友善環境作為 ( Leave No Trace ) ，強調做中學，在經驗中建構學習概念，讓經驗成為最好的教師。
3. Outstanding巔峰卓越：透過課程設計創造「成功經驗」，藉由每日體驗引導反思分享課程，提升自我覺察，進而了解自己，並發現自己的優點，建構新的自我價值。
4. Leadership領導學習：透過LOD ( Leader of the day ) 課程，每人輪流擔任「一日領導者」，透過賦權的概念，培養個人的責任感，提升團隊合作與人際互動之能力。
二、雙語課程有三大主軸課程:
1. 科技狀元耀新科：美術課設計水泥盆栽種植生物課植物，運用科技課所學之micro:bit，設計植物的土壤溼度偵測器，並用英語做海報及報告。
2. 在地狀元金山情：社會、英語跨域探所在地金山社區，讓學生更認識周遭生活環境，了解在地生活地圖、攻略與宗教等，進而認同與關懷在地。
3. 雙語狀元跨域學：育與童軍中外師共同雙語授課，七八九年級每周各一節體育童軍是用英語教授生活科目，讓學生能從生活中學習英語。

本校MSSR即校長以身作則，在學校建立閱讀文化；老師以身作則，帶領學生在每週五晨讀時間進行大量閱讀。閱讀之後更以閱讀護照作為鼓勵與獎勵孩子閱讀的媒介。以學生興趣為基礎，強調老師與家長成為閱讀的楷模，培養學生的閱讀興趣與習慣，並進一步把這種感染力擴散到家長，邀請家長陪孩子閱讀。