港墘國小於大正十五年（1926，民國十年）五月一日設校，校名為港墘 公學校。昭和十六年（1941，民國三十年）四月一日，校名更改為港墘國民 學校。民國三十四年十一月二十八日臺灣光復辦理移交。民國三十五年二月 一日，校名更改為東石鄉第三國民學校。民國三十七年二月七日，校名更改 為臺南縣東石鄉港墘國民學校。民國三十九年十月二十五日行政區域調整， 更改校名為嘉義縣東石鄉港墘國民學校。民國五十三年九月一日設立洲子分 校。民國五十七年實施九年國民教育，校名更改為嘉義縣東石鄉港墘國民小 學。民國六十年八月一日設立圍潭分校。民國九十三年八月一日圍潭分校改 制成圍潭分班。民國九十四年八月一日裁併圍潭分班。民國九十五年八月一 日裁併洲子分校。

每年陳水清基金會都會捐贈最新的圖書給學校，學校也設置了圖書角，讓學生隨時隨地都可以盡情的閱讀，也設置了漂書站，希望大家都能互相交換圖書來閱讀。期盼學生能養成愛閱讀的好習慣，受用終身！