本校於1966年創立，原稱「台東縣立台東第一初級中學」，其後改名「台東縣立台東初級中學」， 1968年實施九國民義務教育，旋於同年九月改制為「台東縣立新生國民中學」至今。
本校創立迄今歷經蔡清祥、蔡芹能、楊昭仁、施日進、陳勝發、賴亮禎六任校長。現任校長林銘欽先生自2016年八月一日起到職迄今，極為重視閱讀，任內學校推行晨讀，參加身教式閱讀計畫，申請社區共讀站，舉辦寒暑假閱讀寫作營，除了提升學校閱讀硬體設備環境與藏書量，更鼓勵學校教師規畫閱讀融入學科教學，與舉辦閱讀寫作營隊。
本校除了正常的日間教育之外，於1973年附設夜間國中補習學校，於1977年成立「特教班」迄今，該類班級本學期仍然有班級；為滿足具有才藝學生之學習需求，使特殊才藝之學生與普通班的學生能分流施教，本校於1991年成立「美術班」，1993年成立「體育班」，1999年成立「音樂班」，2004年成立「數理資優班」；上列之特殊班級共達13個班級，是全國國民中學中最多特殊班級的學校，也是特殊班類型最多的一所學校。
本校學生人數由創校第一年四個班級二百名學生，擴充至目前近六十個班級，學生人數達一千四百餘人；本校雖是一所普通學校，但經過歷任校長努力經營，使得今日之新生國中具有多重之教育功能，學校也具有許多特色，頗受社會的重視與青睞，尤其最近幾年來，全校同仁更加努力，校方大力推動資訊教育，充實各項教育設施，成立生活科技中心，開創教育新格局，積極提高行政效能，提升教育績效，落實學生生活輔導與情操教育，以求學生人格之健全發展，並且大力推展體育、美術、音樂等才藝教育，學生才藝獲得適當發展，又於學生課外活動中積極推展棒球運動、原住民舞蹈、管樂隊、合唱團以及童軍活動等，拓展教育新境界，其成效卓著，學校表現更加優異，校務日趨昌隆，深獲各界肯定與好評，目前本校已成為全縣最受矚目的一所明星學校。

從原有學校晨讀的基礎上配合身教式閱讀的理念，做更有理念系統的閱讀推廣。說書部分，除學生於班上分享自己喜歡的書，學校定期舉行作家有約讓創作者親自訴說他的書與寫作點滴，讓學生不僅接觸書籍還有機會接觸作者，提出讀者的疑問。身教式閱讀不僅在校園推動，更於親師日向家長推廣，且成立家長讀書會，讓讀書的氛圍從校園扎根到家庭。