本校之創立，始於民國三十六年九月，東和國民學校受核准於棋盤村現址開辦棋盤分離教室，民國四十年九月改稱為東和國民學校棋盤分校，民國四十一年八月獨立為棋山國民學校，直至民國五十六年九月始改稱為雲林縣古坑鄉棋山國民小學。校區位於雲林縣古坑鄉棋盤村，緊鄰於湖山水庫之西南端，地形略為狹長呈東南、西北走向，全區地勢平坦，僅東南側為地勢起伏之丘陵地，海拔於西北平地最低處約70公尺延東南漸升至棋山國小，海拔約為110公尺。雖距離鄰近之雲林縣首府斗六市區僅有6.6公里，因屬農村社區，棋盤村居民主要以種植柑橘、柳橙、竹筍、香蕉、鳳梨等農作維生，平日工作忙碌收入卻相對微薄，造成人口外流嚴重，且低收入、單親及隔代教養等弱勢家庭與新移民子女學童比率偏高。

本校每日上午7點30分至7點45分皆進行MSSR，讓學生不只能沉浸在閱讀的世界中，更能為當天的課程及學習做好身心靈的調整及準備。